A Baía de Guanabara foi o elemento fundamental da posição desempenhada pela Cidade do Rio de Janeiro no cenário brasileiro, por ser ampla e bem abrigada, devido ao estreito espaço de sua barra, 1.600 metros, ladeados por dois morros que formam um baluarte natural de proteção: o Pão de Açúcar e o de Santa Cruz. Seu interior é calmo, de boa profundidade e grande espaço para ancoragem de navios, chegando a ter vinte e oito quilômetros de extensão na direção norte-sul. Nas suas duas pontas de entrada foram construídas duas importantes Fortalezas: a de Santa Cruz e a de São João e qualquer embarcação que penetrasse a barra ainda teria que passar pela Fortaleza de Lage, construída um pouco mais para dentro, formando com as outras duas Fortalezas da barra um triângulo. Desta forma a Baía do Rio de Janeiro era uma praça mais fortificada que a da Bahia, tendo chegado a abrigar nove Fortalezas e tendo ainda o Arsenal do Trem para abastecimento, que possuía material de reposição para as Fortalezas. A posição da Baía permitiu que nela se desenvolvesse um importante Porto da Cidade.

Estas condições transformaram a cidade em um centro econômico importante e nele se estabeleceram os armazéns reais que forneciam materiais bélicos para o Rio Grande, no sul do Brasil, mas esta situação despertava também, a cobiça de outros povos interessados nas riquezas que a cidade guardava em seus muros e a manutenção e conservação de todo o seu poderio bélico era oneroso e demandava muito trabalho. A baía do Rio de Janeiro, possuía uma grande possibilidade de interiorização através do Rio Paraíba do Sul e seus afluentes, que vinham desaguar na Baía estabelecendo uma importante ligação. No século XVII a cana de açúcar foi o fator de desenvolvimento do Porto do Rio de Janeiro, que só perdia para a Bahia e para Pernambuco, os dois centros de produção açucareira nordestina. No século XVIII, com a descoberta do ouro, o porto passou a ser o "porto do ouro", mas a partir de 1770 o açúcar voltaria a ter sua importância, com a diminuição do ouro das Minas. O açúcar manteve sua importância até o século XIX, quando o café tomou o seu lugar.

O Porto do Rio de Janeiro teve sua importância até o início do século XX e existe uma corrente que acha que o esvaziamento do Rio de Janeiro teve seu início não com a transferência da capital para Brasília, mas no final do século XIX, quando o Porto de Santos passou a ser o mais importante da região.

A Baía está repleta de ilhas: a maior delas o do Governador com 32 Km², onde do final do século XVI até o do século XVII operou o principal engenho açucareiro da família Sá, inicialmente pertencente ao Governador Salvador Correia de Sá; seguida da de Paquetá com aproximadamente 1 Km² de extensão. Hoje muitas ilhas foram integradas ao continente.

As ilhas foram inicialmente locais de fortificação militar, zonas de produção de alimentos e colônias de pesca. A Marinha sempre teve importantes instalações nas ilhas, como: a de Villegagnon que abriga a Escola Naval; a Ilha das Cobras com o Arsenal de Marinha; a Ilha Fiscal onde atualmente se encontra um Centro Cultural, mas que já foi sede do Centro Oceanográfico da Marinha e a Ilha das Enxadas ocupada pelo Centro de Treinamento da Marinha. Muitas ilhas se transformaram em depósitos de petróleo e derivados de munições e a Baía tem sido muitas vezes castigada por desastres ecológicos deles provenientes. A Ilha de Sapucaia foi utilizada como depósito de lixo e hoje está incorporada à Cidade Universitária da Ilha do Fundão.

A Baía de Guanabara foi um recurso magnífico, degradado e abandonado pela cidade, hoje seu projeto de "despoluição" se desenvolve lentamente, à mercê dos desmandos das autoridades.

Próximo da Praça XV, de vários pontos se avista o encantador castelo em Estilo Neogótico, palco do último baile do Império, oferecido aos oficiais do navio chileno Almirante Cochrane, em 9 de novembro de 1889, seis dias antes da queda da Monarquia e da Proclamação da República. É a Ilha Fiscal, hoje um Centro Cultural, que além de promover exposições temporárias, mantém uma permanente sobre a história da Marinha e da Ilha.

Inicialmente era chamada de Ilha dos Ratos e passou a ser chamada Ilha Fiscal, por ter pertencido à Fazenda Nacional, depois nela funcionou o Centro Oceanográfico da Marinha. O castelo encanta pela sua arquitetura e interiormente pelo piso em mosaico de madeiras nobres da flora brasileira, os dois torreões, os vitrais e as colunas, os arcos e os florões em cantaria.